松果体区病变的鉴别诊断包括生殖细胞肿瘤、松果体细胞瘤、胶质瘤与先天性病变及非神经胶质病变。生殖细胞瘤、松果体母细胞瘤与脑膜瘤细胞密度高，在CT上呈高密度，生殖细胞瘤包埋松果体钙化，而在松果体母细胞瘤中，松果体钙化通常被爆破，并被推移至瘤体边缘。脑膜瘤以广基底与硬脑膜相连。

　　表皮样囊肿、生殖细胞肿瘤与松果体母细胞瘤弥散受限。然而，表皮样囊肿内部无强化（除非发生罕见的鳞状细胞癌），同时在CT及T1WI，T2WI上，病灶信号同脑脊液。
　　CT上出现脂质及脂肪密度，往往要在畸胎瘤、皮样囊肿或脂肪瘤之间鉴别。松果体实质肿瘤或GCTs出血、转移瘤出血、脂肪瘤、畸胎瘤或皮样囊肿可出现T1高信号。脂肪抑制序列及梯度回波序列的使用有利于这些病变的鉴别。
　　血清或CSF癌蛋白的评估有利于生殖细胞肿瘤的诊断。对各种影像表现的认识及CSF与血清实验室检查的使用有利于缩小松果体区肿瘤鉴别诊断范围。

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